自律神経は交感神経系と副交感神経系に分けられ、両者が拮抗しつつ、諸機能を調節しています。

交感神経系は脊髄白質を下行し、胸髄と上位腰髄の側角でシナプスをつくり、前根より出て、上・中・下頸神経節、交感神経幹、腹腔神経筋、上・下腸間膜神経節を経て、内臓諸臓器に分布します。

副交感神経系は迷走神経（第10脳神経）が脊柱管の外を下降し、胸部と上腹部の臓器に分布します。また第2〜第4仙髄より仙部副交感神経が出て、下腹部と骨盤内臓器に分布します。

頚髄損傷と上位胸髄損傷（第1〜第3胸髄）では交感神経支配が絶たれ、脊髄を離れて下行する迷走神経は損傷を免れるので、神経支配が優位となります。初期の脊髄ショック期には副交感神経優位の徐脈、低血圧、体温調節障害などが起きます。

自律神経系の反射が回復して自動性が出ると、これらの症状は軽減しますが、慢性期には自律神経の反身が亢進して、過反射を引き起こすこともあります。

起立性低血圧は自律神経系の正常な反射が失われると生じ、気分不快、ときには失神発作を起こすこともあります。

頚髄損傷では交換神経支配が失われるために、高温下では麻痺域の発汗障害のため、体温調節が不良となります。

表面から熱放散が不十分で、室温が25から26℃以上では体内に熱がこもり気分不快、意識もうろうなどの「うつ熱」の症状を呈します。頚髄損傷者は夏期には冷房の聞いた部屋に入れるなどを注記し、やむを得ず高い気温にいる場合は霧吹きや冷たいタオルなどで顔面や体幹を冷やし、体温を下げるようにします。

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